引起人类疾病的微生物包括细菌、真菌、病毒、寄生虫等，这些不起眼、微不足道的细小“微生物”，要借助显微镜才可观察到它的原貌。若以食物污染而言，这些微生物可能在水源、空气、土壤、牧场或在加工过程中造成污染。食用遭受病原微生物污染的食物后，常见的食品中毒症状包括腹泻、恶心、呕吐、腹痛、发烧、头痛、虚弱等，有时候伴随血便或脓便，但不一定所有的症状会同时发生。一般食品中毒的症状通常会持续1天或2天，有些会持续1周到10天。
病原细菌引起的食品中毒事件都和生活息息相关，以下几个高风险的产品或处理食物的方式须特别留意。
鱼贝类产品
慎防肠炎弧菌肠炎弧菌是一种微嗜盐性的革兰氏阴性菌，在台湾和日本每年发生的食物中毒案例中经常占第1位，在台湾肠炎弧菌引起的肠炎以4～11月较常见。主要中毒及产品遭污染的原因是生食含病原菌的鱼贝类等海产品、使用水源受污染或不新鲜的水产品、作业环境卫生差或交叉污染、产品清洗不完全或加热不足。
手伤勿触食
小心金黄色葡萄球菌毒素金黄色葡萄球菌是一种兼性厌氧性球菌，广布于空气、土壤、水中及食具上。人和动物有较高的带菌率，常存在于人体的皮肤、毛发、鼻腔、咽喉等黏膜中，尤其是化脓的伤口，容易经由手部接触或喷嚏传播而污染食品。
米饭制品
仙人掌杆菌常捣蛋仙人掌杆菌引发的食品中毒症状可分呕吐型和下痢型。呕吐型中毒是食入已产生的毒素而引起，下痢型中毒是食入菌体在肠道中再生长产生的毒素所引起。仙人掌杆菌会形成耐热性的孢子，能忍受加工中的热处理，这特性也使仙人掌杆菌在食品加工场所的任一角落都有能力存活与污染，而造成食品安全问题。
鸡蛋产品
沙门氏杆菌如影随形沙门氏杆菌在全球各个国家都是重要的食品中毒原因菌，且患者容易成为带原者，患者复原后仍会由排泄物中排出沙门氏杆菌。蛋类制品污染沙门氏杆菌是长久以来的问题，最常发生生蛋污染的是美奶滋、冰淇淋、未熟水煮蛋等。蛋壳是沙门氏菌污染的主要途径之一，因此最好使用洗选鸡蛋。另沙门氏肠炎杆菌可以在母鸡生殖道生长，被感染的母鸡所下的蛋都已被感染，这就要从蛋鸡场做好品管。
生菜及未煮熟食物
出血性大肠杆菌会致死出血性大肠杆菌感染者有腹部绞痛及水样下痢的症状，经过1～2天后就有血样下痢、出血性结肠炎及溶血性尿毒症候群，约3～5％会并发溶血性尿毒症候群造成死亡。
婴儿配方奶粉
不得检出阪崎肠杆菌阪崎肠杆菌是一种伺机性病原菌，会引起初生婴儿感染脑膜炎，甚至死亡，因此成为婴儿配方奶粉品管与检测的重要项目。由于这种细菌不耐高温，冲泡的水最好能先煮沸后放凉到摄氏70～90度再冲泡。
冷藏食品
小心冷面杀手李斯特菌欧美国家经常发生由李斯特菌引起的食物中毒，死亡率近25％。李斯特菌属嗜冷菌，易在温度控制不当的环境中生长。中毒症状类似感冒或肠胃不适，除发高烧、头痛、颈部僵硬、呕吐等食物中毒症状外，甚至发生脑膜炎及败血症，怀孕妇女受感染会造成流产或胎死腹中。因此，孕妇与免疫力低的人应避免饮用未经消毒的牛奶、进食软干酪或未经煮熟的蔬菜，并应彻底煮熟食物才进食。
真空包装即食食品
肉毒杆菌真要命肉毒杆菌孢子常存在于土壤中，也可在蜂蜜中存活。而在真空包装食品中可能含肉毒杆菌的，主要是肉制品、豆制品及水产品。早期家庭式制造的罐头食品，常因杀菌不完全而造成肉毒杆菌孢子在罐头中生长、萌发并产生毒素。肉毒杆菌毒素的毒性非常高，只要10–9g的剂量就可致病，死亡率高。
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